不久，邵捷春移营至大昌，监军万元吉也屯兵巫山，与秦良玉相互呼应。

十月，张献忠先后在观音岩、三黄岭大破官军，随后从上马渡过长江进军，秦良玉与张令急率军于竹箘坪阻击，挫败了贼军的前锋。

但不久张令战死，秦良玉前去援救没有成功，辗转作战又失败了，部下的三万人几乎全部战死。

秦良玉于是单独求见邵捷春，建议调用自己二万溪峒的士兵用来击破贼军，自己愿出一半粮饷，其余一半需要官府支持。

但邵捷春与杨嗣昌不合，且仓库中没有现成的粮食，所以拒绝了。

当时摇天动、黄龙等十三家贼兵在巴蜀横行。

有一个叫秦缵勋的人，是秦良玉的族人，给贼兵当了耳目，被捉拿后杀死狱卒逃跑了。

良玉抓获了他，把他交给了官府，他的手下也没有一个逃脱。

崇祯十六年，张献忠攻陷武昌，处死楚王朱华奎，率兵再次进犯巴蜀。

秦良玉上呈全巴蜀形势给巡抚陈士奇，建议派兵守十三个关隘，但陈士奇不用，秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃同意秦良玉的计策，但是却无兵可派。

崇祯十七年，张献忠领大军长驱直入，再次进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。

张献忠攻下锦城后，秦良玉对部下说：“我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立！”

于是，秦良玉分兵守卫石砫境，张献忠到处招降巴蜀土司，却不敢来石砫。

清顺治三年，远在福建的隆武帝朱聿键派使节专程赴石柱，加封秦良玉太保兼太子太保衔，封忠贞侯。

同时近在西南的永历帝朱由榔加封秦良玉太子太傅，任以巴蜀招讨使，仍以镇东将军督兵平定川中诸贼。

永历二年，明朝宗室朱荣藩称监国于忠州，派使者征粮于秦良玉，秦良玉不应，朱荣藩遣军攻之，秦良玉求救于李占春，朱荣藩才退走。

五月二十日秦良玉寿终正寝，享年七十五岁。

这就是这位名垂千古女战神的传奇一生。

一介女流，凭借赤胆忠心和手中兵器，镇守巴蜀几十年。